Program Doktor Ilmu Ekonomi Universitas Trisakti merupakan salah satu program doktoral unggulan yang telah berdiri sejak tahun 2000 dan menjadi pionir di kalangan perguruan tinggi swasta Indonesia. Program ini berkomitmen untuk mencetak lulusan yang andal, berwawasan global, serta memiliki karakter kepemimpinan dan integritas tinggi. Dengan visi menjadi program doktor berstandar internasional yang tetap berakar pada nilai-nilai lokal, program ini menawarkan sembilan konsentrasi yang relevan dengan kebutuhan zaman, seperti Manajemen Pembangunan Berkelanjutan, Ekonomi dan Keuangan Islam, hingga Kebijakan Publik. Kurikulum disusun secara ketat dan berorientasi riset, dengan 54 total SKS yang dirancang untuk diselesaikan dalam waktu enam semester. Selain itu, dukungan fasilitas, dosen berpengalaman, dan jejaring kolaborasi internasional turut memperkuat kualitas pendidikan di program ini.
Lulusan Program Doktor Ilmu Ekonomi Universitas Trisakti telah menunjukkan kiprah signifikan di berbagai sektor strategis, baik di dalam maupun luar negeri, seperti di kementerian, lembaga keuangan, BUMN, TNI, hingga akademisi di universitas internasional. Proses seleksi masuk dilakukan secara kompetitif dengan persyaratan akademik yang ketat, termasuk tes potensi akademik dan kemampuan bahasa Inggris. Penguatan riset dan publikasi ilmiah menjadi prioritas utama, sejalan dengan tuntutan akademik global dan kebutuhan pembangunan nasional. Dengan reputasi yang terus berkembang, Program Doktor Ilmu Ekonomi Trisakti menjadi pilihan tepat bagi calon intelektual, peneliti, maupun profesional yang ingin berkontribusi dalam pengembangan ilmu ekonomi berbasis nilai, bukti, dan inovasi.
Program Doktor Ilmu Ekonomi Universitas Trisakti yang dibentuk denganKeputusan Dirjen Dikti Depdiknas nomor: 202/DIKTI/Kep/2000 tanggal 23 Juni 2000 pada awal mulanya hanya memiliki satu konsentrasi yaitu konsentrasi Manajemen Pembangunan Berkelanjutan. Saat ini Program Doktor tersebut telah berkembang menjadi beberapa konsentrasi, antara lain Konsentrasi Ekonomi & Keuangan Syariah dibentuk dengan Keputusan Rektor Universitas Trisakti Nomor: 195/USAKTI/SKR/VIII/2004 tanggal 15 Juli 2004, sedangkan Konsentrasi Manajemen Jasa dibentuk dengan Keputusan Rektor Universitas Trisakti Nomor: 032/USAKTI/SKR/II/2006 tanggal 23 Februari 2006. Kemudian berkembang beberapa konsentrasi lainnya, yaitu Ilmu Akuntansi, Stratejik, Keuangan, SDM dan Pemasaran serta Kebijakan Publik. Keseluruhan konsentrasi saat ini ada Sembilan konsentrasi.